Está ubicada en la provincia fisiográfica de la planicie costera de Baja California (Tamayo, 1980) y según Rzedowski (1983), pertenece al sistema montañoso de Baja California.
Es la reserva más grande del país. A los sistemas lagunares del Pacífico llega la ballena gris para completar su ciclo reproductivo. Se estima que el 8.3% de las especies vegetales de El Vizcaíno son endémicas.
Contiene una diversidad de accidentes geográficos: al oeste se localizan las sierras de San José de Castro y de Santa Clara, entre otras serranías que forman el eje montañoso de la Sierra de Baja California; al centro se encuentra el Desierto del Vizcaíno, con extensas areniscas y conglomerados sedimentarios.
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